學校歷史
遠東宣教抵達香港
1953 年 11 月 28 日，遠東宣教會文玉棠師母蒙神呼召，正式抵達香港，展開她的宣教工作。 同年 12 月 25 日，香港石硤尾區突然發生有史以來最大規模的一場巨大火災，死傷無數。
開辧頌恩小學
1954 年間，香港政府興建七層徒置大廈。文師母看見七樓天台 很適合用作孩子活動及開設天台小學，亦聯絡到大坑東房屋建 設事務的一位官員，竟然在一個月獲政府批出大坑東徒置區 F 座營辦天台小學，就是 1955 年開課的「頌恩小學」，共招收 了 300 位學生就讀，文師母更於週日晚上及主日為學生、家長、大廈居⺠提供福音聚會、崇拜等活動，為上帝播下福音種子。
政府撥地予遠東宣教會
鑑於當時香港社會 15 歲以下的少年人失學問題嚴重，遠東宣教會於 1957 至 59 年間，向政府提出撥地作為興建學校用途；1960 年更有美國總會 Dr. Erny 來港跟政府部門接觸溝通，最終於 1962 年 8 月 14 日，政府正式批准簽署撥地 25,828 方呎予遠東宣教會，其中 19,364 呎由政府免費提供，用作興建學校 (12 個課室) 及醫療院用途，另外 6,464 呎則以呎價 7 美元向政府購買，用作興建禮拜堂用途。
頌恩小學正式遷往大坑東
1963 年 12 月，頌恩小學正式遷往大坑東棠蔭街新落成的校舍，期間學生人數達 600 人，至 1974 年 9 月停辦，轉型為一所非牟利中學，名為「滙基書院」。1965 年，新落成的醫療院訂名為「救恩醫療中心」，遠東宣教會特別撥款 35,000 作為開辦費，中心於 1965 年 10 月 24 日舉行奉獻禮，由 OMS 委任 Dr. Charles Omdal 及其太太 Johanna、Mrs. Erny、Miss Dorothy Backer 負責醫療中心之服務，至 1971 年停辦。1966 年，宣教會首建之堂會「恩光堂」易名「恩磐堂」，正式以大坑東棠蔭街七號新禮拜堂作為新基址，亦成為香港宣教會的地標。同年 4 月 10 日，香港宣教會正式成立，設總辦事處於棠蔭街七號三樓。
計劃改建頌恩小學
1973 年春，國際宣教會黎家倫牧師和循理會麥華理牧師計劃改建頌恩小學為一所現代化中學，經麥華理牧師的父親推介，他們前來香港邀請彭孝廉博士加入建校行列，並委任彭博士為該校的創校校長，校監為註港宣教士 Rev. Grant Nealis (黎家倫牧師)。該校命名為「滙基書院」(United Christian College)，意指滙合了國際宣教協會、循理會差會、興學証基協會及其他基督教人士所組成，並決定學校是一個獨立機構，由該校校董會全權負責學校運作，可說是中外信徒合作的良好模式。
滙基書院正式開課
1974 年 9 月，滙基書院正式開課，當時只有頌恩小學一座校舍。兩年後，學校獲批加建兩座校舍，可容納 1200 名學生，而建築費獲政府資助百分之八十四，餘下百分之十六須自行籌款，約港幣 50 萬元。彭孝廉校長跟好友呂高敏先生分享這個建校計劃的需要，隨即獲呂先生答允捐出 20 萬元，大大減輕籌款的負擔。呂高敏先生雖為一位商人，但卻非常關心學生福音工作，對滙基書院的辦學工作有積極的影響。
正式創校，用棠蔭街頌恩學校舊址，開辦中一級七班，彭孝廉博士為創校校長，黎家倫牧師為第一任校監。九月首辦中一級七班，共有教職員十一人及學生三百一十五人。
舉行新校舍興建簽約典禮
1976 年 10 月 6 日，滙基書院舉行新校舍興建簽約典禮，由校監麥華利牧師代表校方與建築公司簽訂合約。1977 年 4 月 2 日，學校舉行新校舍奠基典禮，由滕近輝牧師証道。同年 10 月 21 日，滙基書院舉行獻校典禮，據華僑日報報導，當日到場參觀中外人士達七百多人，亦蒙浸會學院謝志偉院長以「自由與紀律」為題致詞，場面非常熱鬧。
放棄轉為津貼學校
1979 年，政府計劃讓按額資助學校轉型為津貼學校，增加對學校的資助。滙基書院校董會經過六個月的商討和禱告，在經濟需要以及辦學理想的兩難之間作出抉擇，堅持原來的辦學原則，放棄轉為津貼學校的機會。此時此刻的滙基，更不容不倚靠大能的上帝。而這個決定，亦成為眾主內人士的見証，使滙基獲得有異象的老師以及充裕的財力。學校由最初 300 人增至逾千人，每年歸主學生數以百計，不少學生於在旁的恩磐堂聚會、成長，當中包括現任恩磐堂堂主任陳建超牧師。
四月第一次音樂會。五月天台花園首次開放。六月舉行第一屆畢業典禮，並首次舉辦教師在職進修日。
滙基書院下午校
開設高等程度會考預科班，收錄九十名學生，開設文、理科各一班。
增設英語授課班
1982 年起，滙基書院特別為非華語學生增設英語授課班 (ESS)，計劃負責人為 Mr. David Aufrance，即後來擔任國際宣教協會註港負責人歐萬斯牧師，此課程一直到 1998 年香港母語教學政策實施後被迫停辦。
杜枝生博士接任滙基書院校長
1985 年 9 月，彭孝廉校長離任，由杜枝生博士接任，主理校政，把滙基書院更進一步建立起 來，足見主恩豐盛。而彭博士亦隨即開展基督教教育研究院 (RICE) 的新工作，獲委任為創院院長，致力按照聖經立場研究教育及培訓老師。研究院初期沒有自己的院址，只有使用興學証基協會辦公室上課。然而神早知道這個需要，以國際宣教協會於 1962 年向政府購買的 一幅土地，由國際宣教協會、興學証基協會以及滙基書院組成建設委員會，於 1987 年籌劃合作興建一座樓高九層的「基督教教育中心」。籌建這座建築物的經費首先獲林定波先生以 及呂高敏先生捐出巨款，其後更獲呂明才基金會董事呂高文先生的鼎力支持，籌款任務最終順利完成。1989 年春，基督教教育中心落成，5 月裝修工程完竣，於 6 月 1 日正式啟用。此時此刻，彭孝廉博士等人亦更感到研究基督教教育的重要性。
創校十五週年
- 學校舉辦開放日及在大專會堂舉行感恩音樂會
滙基書院 (東九龍) 正式開課
2002 年，滙基書院有限公司獲政府批出觀塘利安里 2 號土地，營辦一所基督教直資男女中學，並委任杜枝生博士為創校校長、連同七位老師，秉著滙基書院的辦學理念組成創校團隊，學校命名為「滙基書院 (東九龍)」，於 2003 年 9 月正式開課。這一年，杜枝生博士同時出任兩所滙基書院校長，並帶領滙基書院慶祝三十周年校慶。2004 年 9 月，陳友志副校長正式接任為滙基書院第三任校長。同時，鄭建德老師擢升為滙基書院 (東九龍) 副校長。
創校三十週年
陳友志老師接任校長一職。重組初中課程，實行專科專教。各科又自行編寫校本課程，釐定適切的教學目標，迎接新高中學制。
於初中各科推行電子教學
- 在中一、二級推行BYOD試行計劃。成功申請教育局校本支援服務範圍內的優質學校改進計劃 (QSIP)，獲中文大學專家團隊協助學校部署整全的教學效能提升工作。
- 推行「快閃活動」，同學可以主動提出一些新穎活動如飛盤訓練、扭計骰訓練等。
- 聯繫約100所學校組成「學校基督教事工網絡」，成為一個基督教教育學習的社群、彼此代禱的地方，以及聯校交流、分享資源及彼此支援的平台。
增設「數據分析小組」
- 分析研究評估數據，回饋和促進學與教。加強公開課堂交流，擴闊老師教學新思維的認知和實踐。
- 首辦澳洲英語遊學團、首辦台北和平高級中學交流團
- 建立校本STEM課程，加入3D設計及打印、機械人編程及STEM跨學科專題研習元素。首辦創新科技周(STEM Week)，並在課餘舉辦機械人及航拍培訓活動。
- 與廣東省連南縣南崗中心學校締結為姊妹學校，並進行了兩次交流活動。
男子籃球隊、女子籃球隊皆晉身學界籃球第一組別(Division 1)
- 將圖書館改建為多功能自學中心
- 購置廚餘機，安排中一同學於天台花園種植疏菜，推動環保教育。
- 成功申請教育局「資訊科技增潤活動計劃」，幫助學生運用虛擬實境(VR)及擴增實境(AR)認識及體驗未來工作世界。
於中一、二級全面推行BYOD計劃
- 為同學購置平板電腦，提升學生的資訊素養，培自主習能力。
- 改建一樓電腦室作為STEM教育的學習資源中心，並發展校本STEM電子教材。
杜枝生校長獲頒發「榮譽退休校長」一銜
2014 年 7 月，杜枝生校長正式退休，結束他在滙基這個大家庭超過 30 年的事奉，辦學團體特意頒發「榮譽退休校長」一銜，以表揚杜枝生校長對兩所滙基書院的貢獻。蒙神呼召，杜枝生博士獲基督教滙基堂按立為牧師，並於 9 月前往加拿大多倫多証道浸信會 (美麗徑) 出任堂主任牧師。而滙基書院 (東九龍) 則由創校團隊成員鄭建德博士接任為第二任校長至今。
滙基書院創校 45 週年
2019 年，是滙基書院創校 45 週年，一眾滙基人帶著興奮的心情同頌主恩。同年 8 月，陳友志校長正式離任，完成他一生在滙基書院的教育使命。2019 年 9 月，劉振華校友正式接任為滙基書院第四任校長，劉校長於 1994 年畢業，1997 年大學畢業後隨即返回滙基書院成為老師，2003 年獲委任為滙基書院 (東九龍) 的創校團隊其中一位成員，至 2019 年 8 月。
成功申請重置校舍計劃
2020 年 7 月，學校申請教育局重置校舍計劃，並於 2021 年 3 月 26 日正式收到成功獲批新校舍的消息。
新校舍位於九龍觀塘宏照道新發展用地，毗鄰啟德發展區，占地約 7000 平方米，預計 2027 年竣工。感謝天父的恩典和保守，一直帥領滙基走過每一個階段。特別感謝歷任校監、校董、校長及教職員的貢獻，亦要感謝各方一直的鼓勵、幫助和代禱，成就了今天的滙基。
滙基定必不負所望、努力不懈，讓學生繼續得到優質基督教教育的美好栽培，發揚「明道、尚主、勤學、立德」的精神，並服務社區，榮耀主名！
